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一種快速鑒定RNA質量的方法

[2015/9/10]

  隨著分子生物學技術的迅猛發展及在醫學領域中的普及RNA為研究對象的實驗與日俱增。RNA質量的好壞直接關系到后續實驗的成敗。Northern印跡雜交分析、寡聚(Oligdt) 纖維素選擇分離mRNAcDNA合成及體外翻譯等實驗的成敗在很大程度上取決于RNA的質量。因此在進行這些實驗之前對RNA的質量進行快速可靠的鑒定就十分必要。目前RNA 的質量采用變性瓊脂糖凝膠電泳方法來鑒定這些方法步驟繁瑣、費時、費力。我室在長期進行RNA的研究中摸索出了一套穩定、快速和可靠的鑒定RNA質量的方法現報道如下。

  1.材料與方法

  1.1.主要試劑提取RNATriPure Isolation Reagent試劑盒、DEPC常規試劑如瓊脂糖等為進口或國產AR級以上。

  1.2.RNA的提取以人胎盤組織提取總RNA方法按TriPure Isolation Reagent試劑盒說明書進行。對提取的RNA在紫外分光光度計上測A260值和A260/ A280比值確定所提取RNA 的濃度和純度。

  1.3.RNA的瓊脂糖凝膠電泳電泳方法、步驟大體同文獻中的瓊脂糖凝膠電泳。為最大限度降低RNA在電泳時被降解結合甲醛變性瓊脂凝膠電泳分離RNA方法在常規瓊脂糖凝膠電泳的基礎上進行如下改進。①電泳RNA所用器械如制膠的模具、梳子、電泳槽等用肥皂粉洗干凈后用雙蒸水沖洗二遍后在室溫晾干備用。②用新的1XTBE配制1.2%瓊脂糖凝膠倒膠時溴化乙錠(EB)直接加入凝膠中。③制備好的瓊脂糖凝膠板放入電泳槽后再加入經高壓滅菌過的1XTBE液面只能剛好同膠面平齊緩沖液不要淹過膠面。④點樣時樣品RNA10μl加入2μl上樣緩沖液上樣緩沖液是用DEPC處理的水配制的50 %甘油另外單獨點一樣品孔含有3μl溴酚藍的上樣緩沖液作為電泳指示劑電泳電壓4V/cm電泳時間2h左右便可取出凝膠在紫外燈下觀看所提取的RNA的質量或進行拍照記錄。

  2.結果取人胎盤組織RNA3μg6μg按本方法以1.2 %的瓊脂糖凝膠進行電泳可見28S18S5.8S(5S)三條清晰的rRNA條帶。

  3.討論RNA作為分子生物學的主要研究對象之一但它極易受到RNase的水解在進行RNA操作時主要是避免外源RNase的污染特別是在得到RNA沉淀以后RNase抑制劑存在的條件下尤其如此。因此RNA操作過程中必須對所有實驗材料進行徹底的處理滅活RNaseEP管、Tip頭等另外有一個良好的操作環境也是非常的重要。

RNA質量如何、是否被降解通常采用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳方法來鑒定。此電泳的主要目的之一是為了Northern blot之用。但在RNA的其他用途中cDNA合成和寡聚(OligdT) 纖維素選擇分離mRNA等實驗中要對RNA進行質量鑒定此方法就現得繁瑣、費時、費力而用常規瓊脂糖凝膠電泳RNA會水解而達不到鑒定的目的如果用本研究改進的1.2 %瓊脂糖凝膠方法電泳鑒定簡單、高效、經濟實用并且能達到同用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳相同的實驗結果。因此本方法在常規瓊脂糖凝膠電泳的基礎上所作的每一項改進均是為了避免RNA在電泳過程中被水解比如對所有電泳器具徹底的清洗處理就是為了盡量清除器具上存在的RNaseRNA樣品中加入用DEPC水配制的50%甘油作為上樣緩沖液目的也是為了在RNA樣品中避免加入其他試劑時造成RNase的污染。

  在提取的真核細胞總RNA中核糖體RNA(rRNA)28S清晰的帶型通常認為所提取的RNA 未被降解可以用提取的RNA進行后續實驗。我們實驗室還提取過多種組織RNA如外周血淋巴細胞培養后的RNA、脂肪組織RNA、肝臟RNA經此方法鑒定的RNA的質量同分子克隆手冊等參考書用變性瓊脂糖凝膠鑒定的RNA完全無異結果穩定可靠。占總RNA 90%以上它們主要由28S18 S5.8 S5S組成28S(4.5 kb)18S(2.1kb)5.8S(5S) 這三類rRNA的摩爾濃度大致相等但他們的分子量相差較大在紫外燈下的亮度依次為28S>18S>5.8S(5S)。在電泳后能觀察到28S18S5.8 S(5S) 特別是28S清晰的帶型通常認為所提取的RNA未被降解可以用提取的RNA進行后續實驗。我們實驗室還提取過多種組織RNA如外周血淋巴細胞培養后的RNA、脂肪組織RNA、肝臟RNA經此方法鑒定的RNA的質量同分子克隆手冊等參考書用變性瓊脂糖凝膠鑒定的RNA完全無異結果穩定可靠