高效毛細管電泳儀分類有多種。

1、按分離目的可分：高效毛細管實驗室電泳儀和高效毛細管工業電泳儀。

2、按分離原理可分：高效毛細管色譜電泳儀、高效毛細管區帶電泳儀、高效毛細管凝膠電泳儀和高效毛細管等電聚焦電泳儀等。

3、按分離特征可分：高選擇性高效毛細管電泳儀、高靈敏度高效毛細管電泳儀和高分離度高效毛細管電泳儀等。

4、按分離對象的離子屬性可分：無機離子高效毛細管電泳儀和有機離子高效毛細管電泳儀。

5、按分離對象的荷電性質可分：陰離子高效毛細管電泳儀、陽離子高效毛細管電泳儀和中性分子高效毛細管電泳儀。

6、按分離對象的屬性可分：無機物高效毛細管電泳儀和有機物高效毛細管電泳儀。

7、按分離規模可分：微型高效毛細管電泳儀、小型高效毛細管電泳儀和大型高效毛細管電泳儀。

8、按功能可分：科研型高效毛細管電泳儀和臨床型高效毛細管電泳儀等。

9、按作用可分：高效毛細管定量分析電泳儀和高效毛細管定性分析電泳儀。

10、按進樣自動性可分：高效毛細管手動進樣電泳儀和高效毛細管自動進樣電泳儀。

11、按進樣方式可分：高效毛細管電動進樣電泳儀、高效毛細管壓力進樣電泳儀和高效毛細管擴散進樣電泳儀。

12、按分離裝置可分：一維高效毛細管電泳儀、陣列高效毛細管電泳儀和芯片高效毛細管電泳儀等。

13、按操作方式可分：高效毛細管連續電泳儀和高效毛細管非連續電泳儀。

14、按產地可分：國產高效毛細管電泳儀和進口高效毛細管電泳儀。

15、按靈敏性可分：微量高效毛細管電泳儀和痕量高效毛細管電泳儀（單細胞高效毛細管電泳儀和單分子高效毛細管電泳儀等）。

16、按分離化合物的分子量可分：小分子化合物高效毛細管電泳儀和大分子化合物高效毛細管電泳儀。

17、按應用范圍可分：高效毛細管專用電泳儀和高效毛細管通用電泳儀。

18、按有無載體可分：高效毛細管載體電泳儀和高效毛細管無載體電泳儀。

19、按pH連續性可分：高效毛細管連續pH電泳儀和高效毛細管非連續pH電泳儀。

20、按分離后物質是否變性可分：高效毛細管變性電泳儀和高效毛細管非變性電泳儀。

21、按電源控制可分：高效毛細管恒壓電泳儀、高效毛細管恒流電泳儀和高效毛細管恒功率電泳儀。

22、按用途可分：生物電泳儀、制藥電泳儀、化工電泳儀、食品電泳儀、蛋白質電泳儀、多肽電泳儀、氨基酸電泳儀、核酸電泳儀、酶電泳儀、DNA測序電泳儀、基因電泳儀、細胞電泳儀、生物活性分子電泳儀、糖類電泳儀、抗生素電泳儀、維生素電泳儀、兩性離子電泳儀、醫用電泳儀、血液電泳儀、血清電泳儀、血漿電泳儀、免疫電泳儀、手性對映體電泳儀、農藥電泳儀、獸藥電泳儀、土壤電泳儀和水質電泳儀等。